Діяльність інституту обумовлена нагальною необхідністю вирішення питань, які ставлять перед мікробіологічної та вірусологічної наукою сільське господарство, промисловість і охорона здоров’я, Тому найбільша увага приділяється дослідженнями, мета яких – вивчення механізмів біологічної активності мікроорганізмів і вірусів як основи для розробки новітніх біотехнологій. орієнтованих на захист та оздоровлення навколишнього середовища, очищення грунтів, стічних вод від антропогенного забруднення.

Традиційно мікроорганізми розглядаються як ймовірні продуценти біологічно активних речовин.

Базою для цих досліджень є Українська колекція мікроорганізмів і вірусів, що створена в інституті. Колекція містить понад 20 000 штамів мікроорганізмів, що є перспективними для отримання новітніх ліків або харчових добавок, проведення молекулярно-біологічних і генно-інженерних досліджень.